Tras la celebración de la XVI Maratón de Fútbol Sala en 1998, Manuel Jiménez Millán abandonó su cargo al frente del Comité Local de Fútbol Sala, sin que nadie cogiera el relevo. Transcurrieron unos meses en los que existió un vacío de poder en la dirección del Comité, sin que nadie asumiera la organización de la liga local. Todo esto llevó a un grupo de personas a crear una gestora que dirigiera el Comité. Esta gestora estuvo formada por  representantes de varios equipos como Alfonso García, Cristóbal Chacón, Santiago Fabero, Pepe Ramírez, Manuel Pérez Hinojos o Pepe Andrades, cuya primera decisión fue la convocatoria de unas elecciones a la presidencia del Comité en las que salió elegido Pepe Andrades. De esta manera se empezó a trabajar sobre la marcha, organizándose en febrero de 1999 una liga a tan solo una vuelta.

La nueva junta directiva, formada por Pepe Andrades, Manuel Pérez Hinojos, Juan Puerto Román y José Manuel Fernández Rivera, planteó desde un principio potenciar la competición local, desvinculándose del equipo federado que competía en liga nacional y de la organización de la competición comarcal femenina, al considerar que el Comité no podía asumir sus costes. Se quería ante todo mantener el espíritu de una competición local sin mayores pretensiones, totalmente amateur y con la filosofía con la que había nacido este deporte en Ubrique. Al colectivo se le dotó también de una sede oficial, situada en el edificio de la biblioteca municipal, para atender a todas las cuestiones deportivas y administrativas del Comité y sus competiciones.

El número de equipos siguió creciendo poco a poco y, sin duda, fue la época del apogeo de los torneos. Además de la liga y la maratón, la temporada contaba con la Copa Yancci, el Trofeo Bar Cádiz o el Trofeo de Campeones, entre otros. En 2004 se celebró una maratón especial para conmemorar las bodas de plata del Comité Local de Fútbol Sala.

En estos años abrió sus puertas el pabellón del IES Los Remedios, que dotó de otra instalación a la liga local, aunque descentralizó y repartió el ambiente futbolístico que se vivía los fines de semana en el Pabellón Polideportivo Municipal. En cuanto a la maratón de verano, la idea desde el principio fue mantener el auge que tuvo en los últimos años de la presidencia anterior con el objetivo de que siguiera siendo todo un acontecimiento social.

En 2004 José Andrades dejó la presidencia por motivos laborales y esta fue asumida por José Manuel Fernández Rivera, que siguió una línea continuista al frente del Comité Local de Fútbol Sala.

En cuanto a la 12ª jornada liguera, en División de Honor Estudiantes sumó una nueva victoria ante GLS Panteras, al que endosó un 0 – 7, manteniéndose en lo más alto de la clasificación con 28 puntos. Pub Álamo consiguió el mismo resultado (7 – 0) ante Gaudí Copas, mientras que Zulema se deshizo de Pinturas Fefi KDK por 3 – 0 y la Peña Bética goleó a Oasis Lounge por 2 – 9. La jornada se completó con el 1 – 9 que le infringió el Porti Construcciones Hermanos Viruez Oliva al Brile 1979.

En Primera División, Marca 91 Pozo Puerto sumó tres puntos sin llegar a jugar debido a la incomparecencia de Athletic Club Don López, mientras que Autoser cayó por 2 – 4 ante Corte Aguilar, que le arrebata de esta manera la segunda posición. Fran Generali goleó al New Team por 11 – 4, Autoescuela La Sierra WASP venció a JSA Ubrique por 4 – 7, el CD Celtas superó al Impala 1987 por 5 – 1 y Mapfre Bankia ganó a Frutos Secos Molinillo por 3 – 0.

En lo referente a la liga local de fútbol, Aspirantes consiguió su tercera victoria a costa del Al Andalus, al que endosó un 0 – 4. Por su parte, los Vampiros ganaron a San José por 0 – 3 y Jóvenes veteranos y La Bodeguita empataron a un gol.